Reza Bozorgpour
Con el rápido avance de las técnicas computacionales, las simulaciones de dinámica molecular (MD) han surgido como herramientas poderosas en la investigación biomédica, permitiendo investigaciones en profundidad de sistemas biológicos a nivel atómico. Entre la amplia gama de software de simulación disponible, LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) ha ganado un reconocimiento significativo por su versatilidad, escalabilidad y amplia gama de funcionalidades. Esta revisión bibliográfica tiene como objetivo proporcionar una descripción general completa de la utilización de LAMMPS en el campo de las aplicaciones biomédicas.
Esta revisión comienza describiendo los principios fundamentales de las simulaciones MD y destacando las características únicas de LAMMPS que lo hacen adecuado para la investigación biomédica. Posteriormente, se realiza un estudio de la literatura para identificar estudios clave que han empleado LAMMPS en diversos contextos biomédicos, como el plegamiento de proteínas, el diseño de fármacos, los biomateriales y los procesos celulares.
Los estudios revisados demuestran las notables contribuciones de LAMMPS a la comprensión del comportamiento de las macromoléculas biológicas, la investigación de las interacciones entre fármacos y proteínas, la elucidación de las propiedades mecánicas de los biomateriales y el estudio de los procesos celulares a nivel molecular. Además, esta revisión explora la integración de LAMMPS con otras herramientas computacionales y técnicas experimentales, mostrando su potencial para investigaciones sinérgicas que cierran la brecha entre la teoría y el experimento. Además, esta revisión analiza los desafíos y las limitaciones asociadas con el uso de LAMMPS en simulaciones biomédicas, incluida la parametrización de los campos de fuerza, las limitaciones del tamaño del sistema y la eficiencia computacional. Se presentan las estrategias empleadas por los investigadores para mitigar estos desafíos, junto con las posibles direcciones futuras para mejorar las capacidades de LAMMPS en el campo biomédico.