Un conjunto típico de datos de expresión génica registra el nivel de expresión de cada gen en una muestra biológica. El análisis común de tales datos implica (demostrar que muchos genes se expresan diferencialmente en la muestra, es decir, la condición biológica tiene una "firma transcriptómica" que luego se explora más, caracterizando los genes expresados diferencialmente (DEG) que forman la firma transcriptómica, e inferir los componentes de las redes reguladoras de la transcripción (TRN) que son responsables de la firma transcriptómica observada.
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