La espectrometría de masas por transformada de Fourier es la característica clave de rendimiento de la espectrometría de masas basada en transformada de Fourier, la precisión y la resolución de masas se presentan en vista de cómo afectan la interpretación de las mediciones en aplicaciones proteómicas. El movimiento de los iones en un analizador de espectrometría de masas por transformada de Fourier puede entenderse por los campos magnéticos y eléctricos presentes en la celda del analizador FTMS. El experimento FTMS es una serie de eventos como ionización, excitación y detección que ocurren en secuencia. La transformación de Fourier de la señal en el dominio del tiempo da como resultado la señal FT-ICR en el dominio de la frecuencia que, sobre la base de la proporcionalidad inversa entre la frecuencia y la relación m/z, puede convertirse en un espectro de masas. Los iones que se van a detectar, con una relación m/z seleccionada, absorben la máxima energía por efecto de un campo de alta frecuencia y un campo magnético constante perpendicular a él. Los iones que cumplen la condición de resonancia del ciclotrón obtienen la máxima energía y, como resultado, estos se separan de los iones de diferente masa/carga. Las ventajas de la espectrometría de masas por transformada de Fourier incluyen alta resolución de masas, precisión en la determinación de masas y fragmentación específica de la estructura.
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