Modelado molecular incluye todas las estrategias, hipotéticas y computacionales, utilizadas para modelar o imitar las moléculas. Las técnicas se utilizan en los campos de la ciencia computacional, el diseño de fármacos, la química computacional y la ciencia de los materiales para pensar en estructuras subatómicas que van desde pequeñas estructuras de brebaje hasta grandes partículas naturales y grupos de materiales. El elemento regular de las estrategias de demostración subatómicas es la representación a nivel atomístico de los marcos subatómicos. El modelado molecular encuentra una aplicación significativa en el diseño de nuevos fármacos potentes para combatir enfermedades.