La espectrometría de masas de proteínas se refiere al uso de la espectrometría de masas para estudiar las propiedades de las proteínas. En la actualidad, la espectrometría de masas se ha convertido en una herramienta importante para la caracterización de proteínas. La ionización por electropulverización y la desorción/ionización por láser asistida por matriz son los dos métodos principales importantes para la ionización de proteínas completas. El espectrómetro de masas mide la relación masa/carga de un ion. La espectrometría de masas genera principalmente péptidos N- y C-terminales parciales. El espectro consta de diferentes tipos de iones porque las proteínas se pueden romper en varios lugares. Las ventajas de la espectrometría de masas en tándem son que obtiene las secuencias que no están necesariamente en la base de datos y un paso de búsqueda de similitud adicional que utiliza estas secuencias puede identificar las proteínas relacionadas en la base de datos.
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