La purificación por afinidad es un método de separación de mezclas bioquímicas basado en una interacción altamente específica, como la que existe entre el antígeno y el anticuerpo, la enzima y el sustrato o el receptor y el ligando. La mayoría de los métodos de purificación, sin embargo, implican alguna forma de cromatografía mediante la cual las moléculas en solución se separan en función de las diferencias en la interacción química o física con un material estacionario. La filtración en gel (cromatografía de exclusión por tamaño o SEC) utiliza un material de resina porosa para separar las moléculas en función del tamaño. En la cromatografía de intercambio iónico, las moléculas se separan según la fuerza de su interacción iónica general con un material en fase sólida.
La cromatografía de afinidad es una tecnología de purificación única. La purificación por afinidad es la única técnica que permite la purificación de biomoléculas en función de la función biológica o la estructura química individual. La purificación requerirá mucho tiempo, será difícil o incluso imposible utilizando otras técnicas que a menudo se pueden lograr fácilmente con la cromatografía de afinidad. La técnica se puede utilizar para separar biomoléculas activas de formas desnaturalizadas o funcionalmente diferentes, para aislar sustancias puras presentes en bajas concentraciones en grandes volúmenes de muestra cruda y también para eliminar contaminantes específicos.
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